O Centro de Pesquisa e Desenvolvimento de Fitossanidade do Instituto Agronômico estuda e pesquisa os problemas fitossanitários que afetam culturas de interesse agrícola, gerando e difundindo resultados que levem ao controle de insetos, nematóides, bactérias, fungos e vírus, com métodos que procuram preservar o ambiente.

Entomologia: desenvolve projetos relacionados a insetos de importância agrícola e estudos sobre as relações inseto-planta-parasito visando à obtenção de cultivares resistentes e outras medidas de controle.

Fitopatologia: projetos visando minimizar perdas causadas por doenças fúngicas e bacterianas de plantas com interesse para agricultura, através da utilização de cultivares resistentes ou outros métodos de controle e de manejo integrado.

Virologia: desenvolve projetos para estudar e solucionar problemas causados por vírus em culturas de importância para o agronegócio paulista ou brasileiro. Os estudos envolvem desde o reconhecimento e identificação, até o desenvolvimento de medidas de controle mais adequadas às culturas e às características epidemiológicas dos vírus envolvidos.